İmam Muhammed Bagır hazretleri babasının şehadetinden sonra imamlık makamına erdiğinde Emeviler İslam alemine iktidar sürdürmekteydiler. İslam toplumu çok ağır bir baskı altındaydı ve İmam bagır hazretleri işte böyle bir ortamda gerçek Muhammedi İslam’ı yaymaya gayret gösterdi. Hz. Cafer sadık sa.in doruğa çıkardığı üniversitenin temelini gerçekte babası İmam Muhammed Bagır as. Atmıştı ve zamanın büyük bilginlerinden önemli bir bölümü o hazretin üstün ilminden yararlanmışlardı. O hazret üstün ilmi mevkiinden dolayı Bagır el Ulum yani ilimleri yaran unvanını almıştı.
Ehli sünnet’in büyük alimlerinden Abdullah bin Ata şöyle diyor: Bilginler ve alimler İmam hazretlerinin huzurundan yararlanmaktaydılar ve fıkıh dalında dünyanın en meşhurlarından Hekem bin Uteybe İmam hazretlerinin huzuruna çıktığı zaman bir çocuk gibi davranmakta ve o hazretin sözlerini pür dikkat dinlemekteydi. İmam Bagır hazretleri Muhammed bin Selem, Ebu Hazma Semali, Zevvare gibi çok büyük insanları eğitti ki bunların her biri o hazretten binlerce hadis öğrendiler ve İslam aleminde Ehli Beyt as.ın rivayetleri ve İslami eserleri yaydılar.

İMAM BAGIR AS.IN ŞEHADETİ
Rahmetli Şeyh Müfit İrşat isimli eserinde, İmam Muhammed Bagır hazretlerinden bize ulaşan bilimsel eserler o kadar fazlaydı ki o zamana kadar İmam Hasan ve İmam Hüseyin hazretlerinin evlatlarından hiç birinden o kadar eser ulaşmamıştı diye yazmaktadır.

Burada İmam Bagır sa.in hayat metodundan bazı örneklere değinmeyi uygun görmekteyim. İmam Bagır’ın özellikleri hakkında rivayet edilmiştir ki o hazret çok ilgi gösterdiği ve sevdiği bir evlada sahipti ama günün birinde evladı hastalanır. Bunun üzerine İmam Bagır sa. Fazlasıyla kederlenir ve çocuğunun iyileşmesi için tüm gayretlerini sarf eder. İmamın sahabesinden bir grup kendilerinin imamın durumundan kaygılı olduklarını ve bunun için İmamın evine gittiklerini zira İmamın çocuğuna bir şey olması durumunda imamın kendi hayatının da tehlikede olduğunu zannettiklerini anlatmakta ve eklemekteler ki eve girdiğimizde ağlama sesi işittik ama içeri geçtiğimizde İmamın kendilerini karşıladığını ancak tebessüm etmekte olduğunu ve oldukça huzurlu olduğunu gördük. Çocuğun mu iyileşti diye sorduk? İmam hayır dedi: Çocuğum vefat etti. Arz ettik: Yebne Resulullah çocuğun hasta olduğu zaman siz çok perişandınız ama şimdi dünyadan gitmesine rağmen oldukça huzurlusunuz. İmam hazretleri şu cevabı verdi: Evet o zaman ben onun iyileşmesi yönünde çaba harcamakla vazifeliydim, ama şimdi bizim çabalarımız etkili olmadığına ve onun vefat ettiğine göre ben ve ailem Allah Teala'nın rızasına razıyız. Bizim kısmetimiz dairesinde teslim noktası….

İmam Muhammed Bagır'la ilgili olarak rivayet olunmuştur ki Resulullah Efendimiz sav. Günün birinde kendi sahabesinden Cabir bin Abdullah’ı Ansari'ye şöyle buyurdular: Cabir Allah Teala sana o kadar ömür verecek ki bizim evladımızı mulakat edeceksin. Adı benim adaşım ve tavırları benim gibidir. Cabir anlatıyor ki bu olay üzerinden epey geçti ve günün birinde İmam Seccad hazretlerinin evinde İmam Bagır hazretlerini mulakat ettim. Resulullah efendimize çok benzediğini fark ettim, hatta yürümesi bile Allah’ın resulüne benziyordu. Adını sordum, Muhammed dedi….

Resulullah efendimizin şu sözünü hatırladım ki buyurmuşlardı: Hüve Yebgerül İlme begra yani o yarıcı yani bagır ilmi yarmaktadır. İmam Muhammed Bagır hazretlerinin yanına giderek Resulullah efendimizin selamını ona ilettim ve bu selamı aziz ceddinin kendisine iletmemi istediğini söyledim ve Allah Resulünün şöyle buyurduğunu söyledim: Ey Cabir Allah’ın selamı sana ve Allah’ın resulüne olsun.

Halk içerisinde İmam Bagır hazretleri büyük bir saygınlığa sahipti. Düşmanlar bunca azamet ve mahbubiyeti tahammül edememekteydiler. Bunun için Emevi sultanlarından Hişam bin Abdul Melik Mervan’ın emri ve girişimleri sonucu İmam hazretleri zehirletilerek şehit edildi ve Hicri kameri 114 yılının zilhicce ayının 17 sinde şehit edildi ve oğlu İmam Cafer Sadık hazretleri o hazretin naşına namaz kıldı ve Medinenin Bakiy mezarlığında aziz babası İmam Zeynul Abidin as.ın mezarının hemen yanı başında toprağa verildi.